Theo phương án thành lập Công ty Cổ phần được Tập đoàn Điện lực Việt Nam (EVN) phê duyệt, tháng 01/2008 Công ty Cổ phần Thủy điện An Khê – Ka Nak và Công ty Cổ phần Thủy điện Sông Ba Hạ được thành lập thuộc Ban QLDA Thủy điện 7. Ngày 18/01/2008, Đại hội đồng cổ đông lần đầu thành lập Công ty Cổ phần Thủy điện An Khê – Ka Nak đã thông qua điều lệ hoạt động, bầu HĐQT, Ban Kiểm soát và định hướng phát triển Công ty.

Theo phương án tái cơ cấu Tập đoàn Điện lực Việt Nam (EVN) giai đoạn 2011-2015 được Bộ Công thương và Thủ tướng Chính phủ phê duyệt, EVN thực hiện giải thể 6 Công ty Cổ phần trong đó có Công ty Cổ phần Thủy điện An Khê – Ka Nak. Để phù hợp với mô hình quản lý mới và vận hành thị trường phát điện cạnh tranh, ngày 22/4/2011 Hội đồng thành viên EVN thành lập Công ty Thủy điện An Khê – Ka Nak theo Quyết định số 232/QĐ-EVN.

Hiện nay, Công ty Thủy điện An Khê – Ka Nak là Công ty nhà nước trực thuộc EVN có nhiệm vụ là quản lý vận hành 2 nhà máy thủy điện: Nhà máy thủy điện An Khê gồm 2 tổ máy, công suất mỗi tổ máy 80MW, Nhà máy thủy điện Ka Nak gồm 2 tổ máy, công suất mỗi tổ máy 6,5MW.